一个直接的使用硬件加速生物信息学代码的途径是用单指令多数据流（SIMD）指令集将它的执行向量化，所有现代工作站CPUs都能提供这种指令集。SIMD性能被提及通过不同的名字依赖于实施和生产（e.g.
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Single-Instruction,Multiple-Data stream 单指令多数据流处理 SIMS Single-Instruction Multiple-data Streams 单指令多数据流 Multiple-Instruction Single Data 多指令单数据 ..
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