鞭毛虫纲(Flagellata) 属原生动物门（Protozoa），以鞭毛为运动胞器的原生动物。如眼虫、夜光虫、锥虫、利什曼原虫等。 多数种类表膜坚韧，能维持一定体形。以鞭毛运动，鞭毛一到多根，一般自体前端发出。
原虫约有30余种，主要属纤毛虫纲（Ciliata）,少数种为鞭毛虫纲（Flagellata）,均为专性厌氧微生物。值得指出的是，这些微生物中35%以上具有氨解能力，但原虫类除外。
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涡鞭毛虫纲 Dinoflagellata
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