三氟甲吡醚的化学结构独特。三氟甲吡醚原药（质量分数≥91%）外观为液体。沸点（纯品）：在沸腾前227℃时分解；蒸汽压（纯品，20℃）：6.24×10-8Pa；在水中溶解度为0.15微克/升（20℃）；在有机溶剂中溶解度（g/L,20℃）：辛醇、乙腈、己烷、二甲苯、氯仿、丙酮、乙酸乙酯、二甲基酰胺中均>1000，甲醛中>500；稳定性：在酸性、碱性溶液（pH5、7、9缓冲液）中稳定。pH7缓冲液中半衰期为4.2～4.6d。