上海交通大学档案馆于1986年4月12日成立，是全国高校中最早成立的档案馆之一。设有馆长室、办公室、档案业务指导监督室（简称一室）、档案保管利用室（简称二室）、档案科学及史料应用研究室（简称三室）五个室。