南京理工大学理学院成立于1993年，由独立运行的应用数学系、应用物理系、应用力学系三系合并组建而成。 学院经过十多年的建设与发展，已从单一的基础课教学单位发展成为一个集教学、科研、学科建设、人才培养为一体的教学研究型学院。学院下设7个系、4个中心和1个资料室，即：应用数学系、信息与计算科学系、统计与金融数学系、应用物理系、信息物理与工程系、力学与工程科学系、土木工程系、物理实验中心、土木工程与力学实验中心、数学实验与计算中心、激光探测与定位技术研发中心和图书资料室。 2018年12月10日，荣获首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。