2000年教育部批准南京航空航天大学试办研究生院，南京航空航天大学学位与研究生教育进入了全面发展阶段。在校研究生5641人，其中博士生1161 人，硕士生4480人，在册工程硕士生1122人。其中已授予博士学位818人，硕士学位5939人（其中同等学力和工程硕士学位704人）。