南开大学早在20世纪30年代就开始了研究生教育培养工作。1978年，南开大学恢复招收研究生。1984年9月15日，经原国家教委批准，南开大学作为全国首批22所单位之一试办研究生院。研究生院具体负责全校研究生的招生、培养、教育管理、学位授予等工作。南开大学现设有哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学等多学科门类研究生学位，有博士学位授权专业75个，硕士学位授权专业116个，国家重点学科18个，市级重点学科13个，博士后流动站13个。