厦门大学研究生院成立于1986年9月，经过十年试办，1996年3月由原国家教委批准正式建院。研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教育管理机构，据有关资料显示，该研究生院院长为孙世刚副校长（兼）任。 厦门大学的研究生教育始于1926年。中国解放后，为适应中国社会主义建设和高等教育事业发展的需要，于1950年重新开始招收研究生，并于1952年成立研究部。从1950年至1965年全校有22个专业招收研究生110名，为国家培养出一批杰出人才。十年“文革”，研究生教育受阻。