复旦大学研究生院成立于1984年11月6日，上海医科大学研究生院成立于1985年1月25日，均为我国恢复研究生教育制度后，全国首批建立的22所研究生院之一。2000年4月复旦大学与上海医科大学合并组建成新的复旦大学，研究生院也合并成新的复旦大学研究生院，由此形成了文、史、哲、法、经济及理、工、医、管理等学科专业门类齐全的综合性研究生培养格局。