作者以《内经》为医学之根本，故其所论皆本乎《内经》。上卷论经络、灸法等；中卷分述伤寒诸证和杂病；下卷续载内科杂病，兼论外科、妇科、儿科和一些病证。《神方》一卷列94方，分别介绍其主治和服用法。窦氏比较重视灸刺，临床经验丰富，书中还载有中药麻醉法。