有机肥菌种，即生物有机肥的菌种，用以把有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、淤泥、糟渣、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料。