河口生态系统是指河口水体中各类生物之间及其与河口环境之间的相互关系。河口是河流与受水体的结合地段，受水体可能是海洋、湖泊，甚至更大的河流，但河口生态在此仅指入海河口的生态。入海河口是一个半封闭的沿岸水体，同海洋自由通连，在其中河水与海水交混。潮汐的涨落和河水的洪枯使河口水流处于经常的动荡中，而河口特性影响着河流终段和近海水域，所以河口区的范围很大。河口包括以河流特性为主的近口段，以海洋特性为主的前河口段，和两种特性相互影响的河口段。河口水体中水动力、盐度、泥沙含量等特点给河口生物带来特殊的负荷。而人类在河口区的频繁活动，包括交通、贸易、水产等等都在影响着河口生态；河水中汇集了大量陆源污染物，更直接威胁着河口生物的生存和繁殖。研究河口生态的一个目的便是为了更好地开发河口生物资源。