深圳市水务局作为市政府主管全市水行政工作的组成部门，主要职能是负责全市水资源的开发利用和保护、防洪排涝、供水、节水、排水、水土保持、水污染防治、污水回用、中水利用、海水利用等。指导区街水务工作，负责全市水务企业的行业管理。局机关设8个处室，管理3个行政管理类事业单位，1个行政执法机构，13个局属事业单位。根据《中共深圳市委 深圳市人民政府关于印发〈深圳市人民政府机构改革方案〉的通知》（深发〔2009〕9号），设立深圳市水务局（简称市水务局），为市政府工作部门，由市人居环境委归口联系。