墨顿学院的创立可以追溯到1264年，时任大不列颠大法官（Lord Chancellor）的W·墨顿（Walter de Merton）决定创立一个独立的学术组织并设立基金会、制定相关条例，这也就是墨顿学院的雏形。这一条例的特点在于，规定墨顿学院是自治的，资金也由院长和院士们直接支配，这正是今天牛津大学多数独立学院的特点。正因如此，墨顿学院宣称自己是牛津大学最古老的学院。