福州大学于2005年开始以筹建形式成立研究生院。目前在校各类研究生已达到8400多人，是福建省唯一的全国专业学位研究生教育综合改革试点高校和全国工程硕士研究生教育创新院校。 2012年12月福州大学研究生院的正式成立，将为推动福州大学创业型东南强校建设，在更高起点上推进学位与研究生教育搭建更广阔的平台。