福建医科大学图书馆始建于1937年。2006年5月学校成立信息中心，与图书馆合署办公。图书馆及信息中心内部管理机构设有办公室、采访编目部、流通部、期刊与检索部、网络管理部、图像技术部、学报编辑部以及医学文献检索教研室等部门。