继第一部危机解除后，主人公莫麟找回新的能源使星球恢复了往日的生机。但好景不长，莫麟以天选者的身份再次感应到了祖先天工的指示。莫麟等人从四圣兽口中得知，海文星球将再次面临历史性的考验，一座上古时期的混沌古城，由于凶兽叛乱，使其脱离了原有的运行轨迹，正在向海文星球快速驶近。