故事讲述主人公樱田纯在收到“上发条，还是不上发条”的问题时，选择了“不上发条”，没有和第五人偶真红相遇，平凡度过了中学并考入大学。然而本不该存在蔷薇少女的这个平行世界，终于还是出现了真红的身影……