首都医科大学图书馆始建于1960年，藏书以生物、医药卫生类为主。2002年新馆建成后校本部图书馆馆舍总面积达13980平方米，每周开放时间98小时，实行开放式借阅服务。据2019年官网显示校本部馆藏总量84.91万余册（件），阅览座位1526个，为师生提供了良好的阅读和学习环境。图书馆在继续增加印刷型馆藏的同时，大力发展电子资源，中、外文学术性全文电子期刊逾23688 种，电子图书131976种。已形成了以医学文献为主体，包括中外文图书、期刊和报纸合订本、音像制品以及计算机文档等在内的多种类型、多种载体的综合性馆藏体系。