黄埔海关开办了除国际邮包、国际航班监管业务外的所有海关业务。黄埔海关在国家一类开放口岸黄埔新港、黄埔老港、新沙港分别设立了海关，其业务以一般贸易进出口货运监管为主；东莞海关、太平海关、新塘海关、驻广州经济技术开发区办事处（广州保税区海关）、驻凤岗办事处和驻长安办事处以加工贸易、保税货物监管业务为主。