历经明末清初，在清朝为官，不得已剃发易服。在清朝为官期间（康熙年间），因工作有所建树，被封为四品“中宪大夫”，并得到皇帝赏赐的一品麒麟补服和“五爪龙袍”。晚年黄拙吾因病卧床，弥留之际，滴水不进，卧床而亡，死后其家人将其发辫挽成发髻，依然保存汉族传统发式入葬，以示慰藉。