TopHat 是一个快速的将RNA-Seq 数据进行快速剪接映射的程序。它使用超快的高通量短读比对程序，将RNA-Seq的信息比对到哺乳动物大小基因组上，然后分析映射结果来鉴别外显子之间的剪接点。TopHat是马里兰大学生物信息和计算机生物中心，以及加利福尼亚大学伯克利分校数学系和分子细胞生物学系以及哈弗大学的干细胞与再生生物学系联合开发的结果。 TopHat2.0.4版本是6 / 21 / 2012版本，它是维护版本，用于解决2.0.3的一些问题。在测序分析应用中十分受欢迎。即使刚接触的人士，通过在测序论坛等平台与生物领域的行家交流，也能轻松掌握一些基本的操作技能。 此前，TopHat已经由08年的0.7.版本逐渐发展经历了0.8release，1.0release，1.1release，到如今的1.3release。发展速度非常之快，一两个月可能就会更新一次。